第１５話

神を讃える千年の騎士

脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：日高政光 ／ 演出：千葉高雪
作画監督：羽田浩二

発見されたジョセフとアマンダは、謎の組織ツヴェルフの本部に招かれる。そこは、未知の科学技術にあふれた要塞と呼ぶにふさわしい巨城だった。
アポカリプスナイツと呼ばれるメンバーにはアマンダが良く知る人物も含まれており、動揺を隠すことが出来ない。
アポカリプスナイツは専用の超兵器を操り、かつてXATが苦戦した融合体の群衆をいとも簡単になぎ倒していく。その姿をみたアマンダは驚きよりも先に怒りがこみ上げるのだった。

第１４話

聖者の選択

脚本：太田愛 ／ 絵コンテ：飯田馬ノ介 ／ 演出：水森葉月
作画監督：小林利光

１５歳になったジョセフは、異民の支援活動を行っている青年と出会う。
「市民も異民も神様が造られた同じ人間。なぜ苦しんでいる人間をほうっておけるんだ」と語る彼の言葉にジョセフは心動かされる。
ジョセフは正義感あふれる青年と一緒になって支援活動を熱心に手伝うが、心ない市民の襲撃にあって青年は怪我を追ってしまう。
ジョセフが青年の見舞いへ訪れた際、おなじく青年の見舞いにやってきたサーシャと名乗る女性と出会う。

第１３話

遠い記憶

脚本：太田愛 ／ 絵コンテ：藤森カズマ ／ 演出：友田政晴
作画監督：越智博之

アマンダはジョセフと共に教会の廃墟へと辿り着く。
そこでアマンダはジョセフの過去について知ることになる。
幼少時のジョセフは、育て親代わりのミュラー神父から自分を守って死んでいった両親の話を聞く。「どれほど過酷な世界であっても、きっと生きる意味はある」というミュラー神父の教えを支えに、ジョセフは賢明に生きてゆく。
しかし異民という厳しい現実が、幼いジョセフの心と体を容赦なく痛めつけるのだった。

第１２話

審判の日

脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：佐野隆史 ／ 演出：信田ユウ
作画監督：恩田尚之

生き残った隊員を探しつつ、地下通路を走りヘリポートへと急ぐアマンダたち。融合体となり破壊の限りを尽くす者、絶望し自ら命を絶つ者、XAT本部はまさに地獄の様相となっていた。
そして融合体の兆候はアルとブラッドにも及んでいたが、アマンダとヘルマンはまだ無事だった。アルとブラッドはXATの誇りにかけて二人を守り抜き、XATから脱出させることを誓う。
一方、ベアトリスとの死闘で倒れたジョセフの前に、再びあの男が姿を現した。

第１１話

黙示録の序奏

脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：藤森カズマ ／ 演出：長岡義孝
作画監督：小林利光

XAT部隊内では風邪に似た症状を訴える隊員が続出、これが悲劇の始まりだった。市街地での融合体の大量出現に呼応して、XAT本部内の隊員たちが次々と融合体へ変身したのだ。命令違反で拘留されていたアマンダたちも襲撃を受けるが、ブラッドらに助けられ何とか脱出する。しかし、建物の中は融合体だらけで身動きが取れない。アマンダ達は生き残ったメンバーと合流し、武器庫にバリケードを張って籠城することになってしまう。この惨劇のさ中、ついにジョセフが意識を回復、再び立ち上がるのだった。

第１０話

陰謀の中で

脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：佐野隆史 ／ 演出：西本由紀夫
作画監督：土屋圭

瀕死の重傷を負ったジョセフとマレクは、XATの研究室に収容された。自分の手でマレクを救いたいと願うアマンダは、二人を別機関へ移管するという命令に逆らい、ヘルマンと研究員の助けを借りてジョセフのデータ解析（ハッキング）に望みをつなぐ。
そこで見つけたデータは「ブラスレイター」というコードネームの極秘レポートだった。一方その頃、XATに第３班のメンバーと新型の変形機動マシン「パラディン」が配備される。

第９話

力の価値、力の意味

脚本：小林靖子 ／ 絵コンテ：日高政光 ／ 演出：信田ユウ
作画監督：渡辺純子

アマンダには子供時代に孤児として養護施設で育った過去があり、そこを訪問した折に知り合ったマレクを義理の弟として引き取ったのだった。マレクを守ることが出来なかったと悔やむアマンダはマレクを救うため、ヘルマンと共にXATとは別に捜索を開始する。
その頃、XATの追跡を逃れた重傷のジョセフとマレクは、廃墟の教会に隠れ潜んでいた。その二人の前に現れたのは、ジョセフが長い年月をかけて追い続けていたあの男だった。